Początki kształcenia kadry medycznej w Poznaniu sięgają 1919r. Wtedy to na zlecenie Uniwersytetu Poznańskiego, Wydział Lekarski PTPN organizował kursy lekarskie. W 1920r. wydział przekształcono w Wydział Lekarski Uniwersytetu Poznańskiego. Pierwszym rektorem został profesor Heliodor Święcicki, a organizacją Wydziału Lekarskiego zajął się prof. Adam Wrzosek. Swój znaczący udział miał również profesor Konstanty Hrynakowski, dzięki któremu powstał Oddział Farmacji przy Wydziale Filozoficznym, a potem Katedra Stomatologii.
1 stycznia 1950r. powstała Akademia Lekarska, przekształcona 3 marca w Akademię Medyczną (dzięki wydzieleniu z Uniwersytetu Poznańskiego Wydziału Lekarskiego i Farmaceutycznego).  W 1975r. powołano Wydział Pielęgniarski, a w 1984r. Akademia zyskała imię Karola Marcinkowskiego.
W 1993r. Wydział Lekarski został podzielony na Wydział Lekarski I zajmujący się kształceniem przeddyplomowym na kierunku lekarskim, a także Wydział Lekarski II, który obejmował Oddział Stomatologiczny, Oddział Kształcenia Podyplomowego oraz Oddział Kształcenia w Języku Angielskim. Wtedy też Wydział Pielęgniarski przekształcony został w Wydział Pielęgniarski i Nauk o Zdrowiu, który dopiero w 1998r. zyskał aktualną nazwę, Wydziału Nauk o Zdrowiu. W ramach tego Wydziału, w 2003r. uruchomiono Ośrodek Dydaktyczny w Gorzowie Wielkopolskim.
W 2004r. otwarto nowoczesny budynek Collegium Stomatologicum, gdzie realizowane jest nauczanie przedmiotów stomatologicznych. W pobliżu tego gmachu wybudowano Bibliotekę Główną i Centrum Kogresowo-Dydaktyczne.
Uczelnia zmieniła nazwę 27.02.2007r., która odtąd stała się Uniwersytetem Medycznym im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu.
Nowy budynek wybudowano w 2019r., a mianowicie Collegium um. Adama Wrzoska, gdzie ulokowano Centrum Symulacji Medycznych. Wtedy też Wydział Lekarski I, zmienił nazwę na po prostu Wydział Lekarski, a Wydział Lekarski II na Wydział Medyczny.