Początki Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego sięgają roku 1809, kiedy to z inicjatywy lekarzy A. Wollfa, H. Dziarkowskiego, J. Czekierskiego, F. Brandta, a także J. Celińskiego powstała Warszawska Szkoła Lekarska. 
W 1816r. Szkoła Lekarska zostałą włączona do Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego, gdzie działała aż do 1831r, kiedy po upadku powstania listopadowego, nakazano likwidację wszystkich szkół wyższych. 

Stan medycyny na terenach polskich ziem, a także sytuacja epidemiologiczna spowodowały, że zaborcy zdecydowali się powołać w 1857r. Akademię Medyko-Chirurgiczną, a następnie w 1862r. przyłączono ją do Szkoły Głównej Warszawskiej. Pod wpływem rusyfikacji, w 1869r. powstał Cesarski Uniwersytet Warszawski, w którym wykładano w języku rosyjskim, a polskich nauczycieli akademickich zastąpiono rosyjskimi.

Dopiero po wybuchu pierwszej wojny światowej, możliwy był powrót do tradycji, a jednym  z głównych organizatorów nowego porządku na powstałym Uniwersytecie Warszawskim był Józef Polikarp Brudziński, pierwszy rektor UW.
Pierwszy w Polsce, Wydział Farmaceutyczny powstał w 1926r. Natomiast początki kierunku lekarsko-stomatologicznego sięgają 1920r., kiedy to powołano Instytut Dentystyczny, który dopiero w 1949r. został włączony jako Oddział Stomatologiczny Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. 

W 1950r. połączono Wydział Lekarski, Farmaceutyczny z Akademią Stomatologiczną, tworząc Akademię Lekarską, której rektorem był Franciszek Czubalski. Tego samego roku, uczelnia zmieniła nazwę na Akademię Medyczną.

W 2008r. Akademia Medyczna została nazwana Warszawskim Uniwersytetem Medycznym. Od tego roku, na uczelni powstało między innymi Centrum Biblioteczno-Informacyjne, Centrum Badań Przedklinicznych, Centrum Sportowo-Rehabilitacyjne, Szpital Pediatryczny oraz Uniwersyteckie Centrum Stomatologii.